Za zánět močových cest mohou převážně bakterie. Ve většině případů jsou příčinou močové infekce bakterie Escherichia coli. Tato bakterie je normální součástí naší stolice. I přes pravidelné dodržování hygieny, se může občas stát, že se bakterie dostane z okolí konečníku přes hráz do močové trubice, dále pak do močového měchýře. Hlavním důvodem je nesprávné utírání konečníku po vykonání stolice. V dnešní době je možný přenos i análním sexem, kdy je ohrožena zánětem vagína i močová trubice. Bakterie přítomné v konečníku a tlustém střevě se dostávají na intimní místa. Pokud se namnoží, mohou způsobit zánět močových cest aj.

Dalšími příčinami mohou být:

• Prochlazení při dlouhém pobytu venku, koupání, nebo sedání na mokrý či studený podklad
• Nedostatečná hygiena, zvláště při menstruaci
• Hormonální herpes
• Zvýšené dráždění či poranění při pohlavním styku
• Nevhodné návyky při oblékání a hygieně (těsné kalhoty, tanga, používání deodorantů či parfémů na intimní místa, špatné oplachování po použití mýdel či sprchových gelů)
• Stres
• Zadržování močení

Větší riziko nákazy mají také těhotné ženy a lidé s cukrovkou. Vysoká hladina krevního cukru totiž může vést k jeho vylučování do moče. Sladké prostředí je pak ideální pro růst a množení bakterií. Infekce tak vzniká daleko častěji a má i vážnější průběh.